Kawasan ini memiliki kemampuan menyerap jutaan meter kubik air hujan setiap tahun dan menjadi sumber utama air bersih masyarakat. Karst juga berperan dalam menyerap karbon dioksida (CO2) dari atmosfer, sekaligus menjaga keseimbangan ekologis kawasan kepulauan yang rentan terhadap perubahan lingkungan.
Tidak hanya itu, kawasan karst Banggai Kepulauan menyimpan kekayaan hayati yang unik dan langka. Secara biogeografis, wilayah ini menjadi kawasan peralihan fauna Sulawesi, Maluku, hingga Papua. Beberapa fauna endemik hanya ditemukan di kawasan ini, seperti Rattus pelurus, Tarsius pelengensis, dan Phalanger pelengensis. Pulau Peling bahkan tercatat memiliki sedikitnya 141 spesies burung.
Namun di balik keunikannya, ekosistem karst merupakan kawasan yang sangat rentan terhadap kerusakan. Gangguan pada satu unsur, seperti vegetasi atau tata air, akan mempengaruhi keseluruhan sistem ekologisnya. Karena itu, pengelolaan kawasan karst harus dilakukan secara sangat hati-hati.
Karst Banggai Kepulauan berkembang pada dua formasi batu gamping, yakni Formasi Salodik dan Formasi Peleng, yang mencakup sekitar 97,7 persen wilayah daratan Banggai Kepulauan. Bentang alamnya terdiri dari eksokarst berupa perbukitan karst dan kerucut karst, serta endokarst berupa gua-gua alami yang memiliki fungsi hidrologis penting.
