Sedangkan, pemeriksaan dengan tujuan tertentu, atau biasa disebut dengan PDTT, adalah adalah pemeriksaan yang dilakukan dengan tujuan khusus, di luar pemeriksaan keuangan dan pemeriksaan kinerja. Termasuk dalam pemeriksaan tujuan tertentu ini adalah pemeriksaan atas hal-hal lain yang berkaitan dengan keuangan dan pemeriksaan investigatif. PDTT dalam bentuk pemeriksaan kepatuhan keuangan bertujuan untuk menilai apakah hal pokok yang diperiksa sesuai (patuh) dengan ketentuan peraturan perundang-undangan. Sedangkan PDTT dalam bentuk pemeriksaan investigatif bertujuan untuk mengungkap adanya indikasi kerugian negara/daerah dan/atau unsur pidana. Contoh pemeriksaan kepatuhan yang dilakukan BPK di antaranya adalah PDTT atas belanja daerah, PDTT atas belanja modal infrastruktur, serta PDTT atas pendapatan daerah.
Berbeda dengan pemeriksaan keuangan yang dilakukan rutin setiap tahunnya, pemeriksaan kinerja dan pemeriksaan dengan tujuan tertentu atas suatu tema tidak dilakukan rutin setiap tahun, melainkan berdasarkan perencanaan prioritas pemeriksaan yang telah disusun sebelumnya.
Oleh karena itu, jangan heran jika kemudian ada daerah yang memperoleh WTP tetapi pada saat dilakukan pemeriksaan kinerja atau pemeriksaan dengan tujuan tertentu diperoleh temuan permasalahan.
